与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。
系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。
系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。
除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。
牛津共有38个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。
每一所学院都由Head of House和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。
6个准学院(称为"永久性私人学堂"Permanent Private Halls、为各宗教教派所办)，至今还保留着它们的宗教特许状。
不同学院的住宿费用还是有很大区别的，具体需要申请以后做详细了解。
造成价格差异的原因有很多，比如房型，地理位置，公寓建造年份，设施等。
一般5-7人合住一套房，每人一个卧室，条件好的卧室有单独的洗手间，每个房间会有一张单人床，衣柜，书桌。
第一 自己拥有独立卫浴，和其他人共用厨房
第二 自己拥有独立卫浴，房间内有做饭设施，但不是独立的一个房间的厨房
第三 自己没有独立卫浴 需要和他人共用厨房